あくまで個人的ですが、ラインの使い分けについて書かせてもらいます。
ナイロンライン
メインラインとしてはあまり使いませんが、まずリールの下巻きとして（安くて軽いので）
使用します。
または、浮力の弱いクランクベイトやトップ系のルアーに使用します。
ラインの伸びが大きく、感度が悪いこと、ラインが柔らかいので水流で流れ過ぎてしまい
ルアーを想定するルートで流すことが難しい時があるなど、使う場所によっては難しい時が
あります。
根がかりや、立木の枝にルアーが引っかかってしまった際、取ろうと引っ張ると、
どんどんラインが伸びるので中々引っ張れませんし、引っ張ることで伸びて強度が弱くなり
結び目や擦れた場所からあっけなく切れてしまうことも多い印象があります。
しかし、比重が軽く、軽量ルアーの浮力や動きを邪魔しないので
私はPEラインのリーダーとして使用することが多いです。
リーダーとして使う際も、結び目から弱りやすいので、定期的に・気になったタイミングで
交換が必要です。
リーダーとPEラインの結束ですが、いわゆる電車結びを私は愛用しています。
理由は単純に最も早く正確に行えるからです。
海の大物釣りで使用される摩擦系ノットも代表的と言われるものは試してましたが
テンションをかけて正確に巻かないと抜けてしまう、細いラインだと切れてしまう等
私の技術レベルでは手間のわりにはメリットが感じられないのでやめてしまいました。
ナイロンラインの項でも書きましたが、リーダーが傷んだ際には都度交換することが
必要ですので、自分にストレスがかかりすぎない結び方を選ばれたら良いと思います。
フロロカーボンライン
ベイトリールに関して、メインで使用します。
比重が重いので飛ばないと言われることもありますが、風による影響を受けづらいので
軽いルアーでも予想以上に飛びます。
伸びすぎないので、ルアーの動きが良くわかりますし、今水中のどのあたりをルアーが
泳いでいるのかわかりやすいです。
PEライン
スピニングリールでも、ベイトリールでも飛距離が稼げますのでとても重宝します。
細くて強度がありますし、感度が高いので、バス釣りならウィード系の中を釣るには最適だと
思います。
反面、全くと言ってよいほど、伸びが無いので、瞬間的に強い力をかけるとあっけなく切れたり、ロッドが折れたりするので注意は必要です。
多くの場合でリーダーを付けますが、直結でも使えます。
私の場合は、軽量プラグ等を使う時は、PE12～16ポンドに、ナイロンリーダー８～10ポンドを使用し、
琵琶湖の夏場などにウィードの中からバスを引っこ抜くような釣りをする時は
PE30ポンド程度を直結で使用します。
PEラインをリーダーなしで使用する際は、先までガチガチのロッドや、
先しか曲がらないロッドで使用するよりも適度に全体で曲がりながら力を発揮する
ロッドが適していると思います。